법인이 세금을 체납하면 대표자가 대신 내야 할까? 제2차 납세의무의 기본 구조

법인을 운영하다가 법인세나 부가가치세 등 세금을 납부하지 못하면 가장 먼저 걱정되는 것 중 하나가 대표자 개인에게까지 책임이 넘어오는지 여부입니다.

• “회사가 세금을 못 내면 대표자가 개인 돈으로 대신 내야 할까?”
• “대표이사라는 이유만으로 개인 통장이나 집까지 압류될 수 있을까?”
• “회사 지분을 많이 가지고 있으면 법인의 체납세금을 모두 책임져야 할까?”
• “법인을 폐업하면 결국 대표자에게 세금이 넘어오는 것 아닐까?”

결론부터 말하면 법인이 세금을 체납했다는 이유만으로 대표자가 그 세금을 자동으로 대신 납부하는 것은 아닙니다.

법인은 대표자나 주주와 별개의 법인격을 가진 주체이므로 원칙적으로 법인에 부과되거나 법인이 납부해야 할 국세는 법인이 부담합니다.

다만 중요한 예외가 있습니다. 법인의 재산으로 국세와 강제징수비를 충당해도 부족하고, 국세기본법에서 정한 일정한 요건에 해당하는 사람이 있다면 그 사람에게 부족한 금액에 대한 ‘제2차 납세의무’가 성립할 수 있습니다.

특히 국세기본법 제39조가 적용되는 법인의 무한책임사원이나 일정한 요건을 갖춘 과점주주 등이 대표적인 대상입니다.

하지만 단순히 대표자라는 이유나 주식을 많이 보유했다는 이유만으로 자동 적용되는 제도는 아닙니다.

이번 글에서는 제2차 납세의무가 무엇인지, 대표자는 언제 법인의 체납세금을 부담할 수 있는지, 과점주주는 어떻게 판단하는지, 책임지는 금액에는 어떤 한도가 있는지를 차례대로 살펴보겠습니다.

1. 법인과 대표자는 세금에서도 별개의 주체다

먼저 가장 기본적인 원칙부터 알아둘 필요가 있습니다.

개인사업자는 사업자 개인과 사업체가 법적으로 완전히 분리된 별도의 법인이 아닙니다. 반면 법인은 법률에 따라 독립된 법인격을 가지고 있기 때문에 법인의 재산과 대표자 개인의 재산은 원칙적으로 구분됩니다.

예를 들어 A주식회사가 부가가치세를 체납했다고 가정해 보겠습니다.

체납자는 기본적으로 A주식회사입니다. 따라서 법인의 세금을 징수하기 위해서는 우선 법인 명의의 예금·부동산·매출채권·자동차 등 법인 재산에 대한 강제징수가 문제됩니다.

법인의 세금 체납 → 대표자 개인의 세금으로 자동 전환 (X)
법인의 세금 체납 → 법인 재산으로 징수 → 법정 요건 충족 시 제2차 납세의무 검토 (O)

즉, 회사가 세금을 체납했다고 해서 세무관서가 아무런 추가 요건 없이 대표자의 개인 통장을 곧바로 법인의 체납재산처럼 취급할 수 있는 구조는 아닙니다.

2. 제2차 납세의무란 무엇일까?

제2차 납세의무는 본래 세금을 납부해야 하는 사람의 재산으로 국세 등을 충당하기 부족한 경우 일정한 관계에 있는 제3자에게 법에서 정한 범위의 납세의무를 부담시키는 제도입니다.

법인의 체납 문제에서 많이 등장하는 것이 국세기본법 제39조의 ‘출자자의 제2차 납세의무’입니다.

기본적인 구조는 다음과 같습니다.

법인에 국세 발생 → 법인이 납부하지 않음 → 법인의 재산으로 국세·강제징수비 충당 → 부족액 발생 → 국세기본법상 제2차 납세의무 요건 확인 → 해당 출자자에게 법정 범위 내 제2차 납세의무

따라서 제2차 납세의무는 법인의 체납세금을 대표자에게 단순히 이전하는 제도가 아닙니다.

법인의 재산으로 충당해도 부족하다는 점과 법에서 정한 인적·지분관계 등의 요건을 충족하는지를 별도로 확인하는 보충적인 납세의무라고 이해하는 것이 좋습니다.

3. 대표이사라면 무조건 제2차 납세의무자가 될까?

아닙니다.

‘대표이사’라는 직함 자체와 국세기본법 제39조에 따른 ‘출자자의 제2차 납세의무’는 동일한 개념이 아닙니다.

예를 들어 회사의 전문경영인으로 근무하면서 회사 주식을 보유하지 않는 대표이사가 있다고 가정해 보겠습니다.

단순히 법인등기부에 대표이사로 기재되어 있다는 사실만으로 국세기본법 제39조의 과점주주가 되는 것은 아닙니다.

반대로 회사의 대표이사가 주식을 상당 부분 보유하고 있고 특수관계인의 보유주식까지 합산한 결과 법에서 정한 과점주주 요건에 해당한다면 제2차 납세의무가 문제될 수 있습니다.

따라서 확인해야 할 것은 단순한 직함이 아니라 다음과 같은 요소입니다.

• 법인의 형태
• 해당 국세의 납세의무 성립일
• 주주 및 출자자 구성
• 본인과 특수관계인의 주식·출자지분
• 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력 행사 여부
• 실제 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액
• 법인 재산으로 국세 등을 충당한 뒤 발생하는 부족액

즉, ‘대표자냐 아니냐’ 하나만으로 판단하는 문제가 아닙니다.

4. 과점주주란 누구를 말할까?

제2차 납세의무를 이해할 때 가장 중요한 개념 중 하나가 과점주주입니다.

2026년 9월 현재 국세기본법 제39조는 주주 1명과 대통령령으로 정하는 특수관계인의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과하면서 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 사람들을 과점주주로 규정하고 있습니다.

여기서 중요한 것은 ‘50% 이상’이 아니라 ‘50% 초과’라는 점입니다.

주식 보유 관계	기본적인 확인 방향
본인 30% + 특수관계인 25%	합계 55% → 경영 지배력 등 추가 요건 확인
본인 40% + 특수관계인 10%	합계 50% → ‘50% 초과’ 요건에는 미달
본인 단독 60%	50% 초과 → 경영에 대한 지배적 영향력 등 추가 요건 확인
대표이사지만 주식 없음	대표이사라는 이유만으로 과점주주가 되는 것은 아님

또한 국세기본법 제39조에서 발행주식 총수를 계산할 때에는 의결권이 없는 주식이 제외됩니다.

따라서 실제 과점주주 여부를 판단할 때는 단순히 회사의 명목상 전체 주식 수와 한 사람의 지분율만 확인해서 결론을 내려서는 안 됩니다.

5. 가족 지분도 함께 계산될 수 있을까?

가능합니다.

국세기본법 제39조는 한 사람의 주식만 따로 보는 것이 아니라 그 사람과 대통령령에서 정한 특수관계인의 주식 또는 출자액을 함께 고려하도록 규정하고 있습니다.

따라서 가족회사처럼 대표자와 가족들이 주식을 나누어 가지고 있는 경우에는 각 사람의 지분만 따로 보고 판단해서는 안 됩니다.

예를 들어 대표자가 35%, 특수관계인이 25%를 보유하고 있다면 단순 합계는 60%가 됩니다.

하지만 여기에서도 곧바로 “60%니까 가족 모두가 법인의 체납세금을 전액 책임진다”고 결론을 내리면 안 됩니다.

누가 법에서 정한 특수관계인에 해당하는지, 납세의무 성립일 당시 주식 보유관계가 어떠했는지, 경영에 대한 지배적인 영향력을 행사했는지 등 현행법에서 정한 요건을 함께 확인해야 합니다.

6. 언제의 지분을 기준으로 판단할까?

현재 지분만 확인하는 것도 정확하지 않습니다.

국세기본법 제39조는 ‘그 국세의 납세의무 성립일 현재’를 기준으로 제2차 납세의무 대상자를 판단하도록 규정하고 있습니다.

따라서 다음 날짜들은 서로 구분해야 합니다.

• 현재 날짜
• 법인이 실제로 세금을 체납한 날짜
• 세금의 납부기한
• 해당 국세의 납세의무 성립일
• 주식 또는 지분을 취득·양도한 날짜

예를 들어 현재는 회사 주식을 모두 처분했다고 하더라도 해당 국세의 납세의무 성립일 당시 제39조에서 정한 요건에 해당했다면 현재 주주가 아니라는 사실만으로 제2차 납세의무 문제가 사라진다고 단정할 수 없습니다.

반대로 현재 지분이 많더라도 문제되는 국세의 납세의무 성립일 당시에는 주주가 아니었다면 그 시점의 관계를 별도로 확인해야 합니다.

7. 과점주주가 되면 법인의 체납세금을 전부 내야 할까?

반드시 그렇지는 않습니다.

국세기본법 제39조는 과점주주가 부담하는 제2차 납세의무에 한도를 두고 있습니다.

현행법상 기본적인 계산 구조는 법인 재산으로 충당하고도 남은 부족액을 기준으로, 법인의 전체 발행주식 중 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 등이 차지하는 비율을 반영하여 한도액을 계산하는 방식입니다.

예를 들어 법인 재산으로 충당하고도 1억 원이 부족하고 특정 과점주주가 법에서 정한 기준에 따라 발행주식 총수 중 60%에 해당하는 주식에 대해 실질적으로 권리를 행사한다고 단순 가정하면, 그 부족액과 해당 주식 비율을 기초로 제2차 납세의무의 한도를 계산하게 됩니다.

따라서 ‘과점주주 해당 = 법인의 모든 체납세금 전액을 무조건 개인이 부담’이라고 이해해서는 안 됩니다.

8. 법인에 재산이 충분하다면 대표자에게 바로 징수할 수 있을까?

제2차 납세의무의 중요한 특징은 보충적 성격입니다.

국세기본법 제39조는 법인의 재산으로 법인에 부과되거나 법인이 납부할 국세와 강제징수비에 충당해도 부족한 경우를 전제로 하고 있습니다.

예를 들어 법인이 5,000만 원의 국세를 체납했지만 법인 명의 예금이나 부동산 등으로 체납액을 충분히 충당할 수 있다면 제39조의 기본 전제인 ‘부족한 경우’와는 상황이 다릅니다.

따라서 제2차 납세의무는 법인과 주주 중 세무관서가 원하는 사람에게 자유롭게 골라서 세금을 받는 제도가 아닙니다.

9. 회사가 폐업하면 대표자에게 세금이 자동으로 넘어갈까?

폐업 자체만으로 그렇게 되지는 않습니다.

법인이 사업자등록을 폐업했다고 해서 법인과 대표자가 갑자기 동일한 사람이 되는 것은 아닙니다.

법인 폐업 → 대표자가 법인의 체납세금을 자동 승계 (X)

다만 법인이 폐업한 뒤에도 체납세금이 남아 있고 법인의 재산으로 이를 충당하기 부족하며, 해당 국세의 납세의무 성립일 현재 제2차 납세의무 요건을 충족하는 출자자가 있다면 별도의 제2차 납세의무 문제가 발생할 수 있습니다.

즉, 폐업 여부가 아니라 제2차 납세의무의 법정 요건을 충족했는지가 핵심입니다.

앞에서 살펴본 「사업을 폐업하면 밀린 세금도 없어질까? 폐업과 납세의무가 별개인 이유」와 연결해서 보면 폐업과 체납세금의 관계를 이해하기 쉽습니다.

10. 법인이 해산·청산하면서 재산을 나눠줬다면?

이 경우에는 국세기본법 제39조의 출자자 책임과 별도로 제38조의 ‘청산인 등의 제2차 납세의무’도 확인해야 합니다.

법인이 해산하여 청산하면서 법인에 부과되거나 법인이 납부해야 할 국세와 강제징수비를 납부하지 않고 잔여재산을 분배하거나 인도한 뒤, 법인에 강제징수를 하더라도 징수할 금액에 미치지 못하는 경우 일정한 범위에서 청산인이나 잔여재산을 받은 사람에게 제2차 납세의무가 발생할 수 있습니다.

대상	제2차 납세의무 한도
청산인	분배하거나 인도한 재산의 가액
잔여재산을 받은 사람	각자가 받은 재산의 가액

따라서 법인을 해산하면서 회사에 세금이 남아 있는데도 잔여재산부터 주주 등에게 나누어 주는 경우에는 별도의 제2차 납세의무 문제가 생길 수 있습니다.

11. 제2차 납세의무는 법인 대표자에게만 존재하는 제도일까?

아닙니다.

국세기본법에는 여러 형태의 제2차 납세의무가 규정되어 있습니다.

구분	기본적인 구조
청산인 등의 제2차 납세의무(제38조)	법인 청산 과정에서 국세를 남겨둔 채 잔여재산을 분배한 경우
출자자의 제2차 납세의무(제39조)	법인 재산으로 충당해도 부족하고 무한책임사원·과점주주 등 법정 요건에 해당하는 경우
법인의 제2차 납세의무(제40조)	일정한 출자자 개인의 체납세금에 대해 법인이 법정 요건 아래 책임지는 경우
사업양수인의 제2차 납세의무(제41조)	사업 양수인이 법에서 정한 요건을 충족하는 경우

즉, 제2차 납세의무는 단순히 ‘회사가 세금을 못 내면 대표자가 대신 내는 제도’를 의미하는 것이 아닙니다.

12. 반대로 주주 개인이 세금을 체납하면 회사가 대신 내기도 할까?

특정한 경우에는 가능합니다.

국세기본법 제40조에는 ‘법인의 제2차 납세의무’도 규정되어 있습니다.

• 제39조: 법인이 세금을 못 냄 → 일정한 출자자의 제2차 납세의무
• 제40조: 일정한 출자자가 세금을 못 냄 → 일정 요건에서 법인의 제2차 납세의무

다만 제40조 역시 주주가 세금을 체납했다는 이유만으로 자신이 주주로 있는 회사가 무조건 대신 내는 구조는 아닙니다.

출자자의 재산으로 국세 등을 충당해도 부족하고 법에서 정한 추가 요건을 충족하는지 확인해야 합니다.

13. 사업을 넘겨받은 사람에게도 제2차 납세의무가 생길 수 있을까?

일정한 경우에는 사업양수인에게도 제2차 납세의무가 발생할 수 있습니다.

국세기본법 제41조에 따라 법에서 정한 사업양수인에 해당하고 다른 요건을 충족하면 사업과 관련된 국세 등에 대해 제2차 납세의무가 문제될 수 있습니다.

이 경우에도 무한정 책임지는 구조가 아니라 법에서 정한 책임 범위와 한도를 확인해야 합니다.

따라서 세금이 체납된 사업을 인수하는 경우에는 단순히 자산과 매출만 확인할 것이 아니라 기존 사업과 관련된 조세 문제도 함께 확인할 필요가 있습니다.

14. 제2차 납세의무가 지정되면 개인재산도 압류될 수 있을까?

제2차 납세의무가 법에서 정한 절차에 따라 성립하고 해당 금액이 납부되지 않는다면 이후에는 제2차 납세의무자의 개인재산에 대한 징수 문제가 발생할 수 있습니다.

하지만 법인의 체납이 발생했다는 이유만으로 대표자 개인재산을 곧바로 압류하는 것과 제2차 납세의무가 성립한 뒤 그 사람에 대한 징수절차가 진행되는 것은 전혀 다른 구조입니다.

따라서 대표자 개인 명의의 예금이나 부동산 등에 징수절차가 진행된다면 다음을 확인할 필요가 있습니다.

• 어떤 법인의 어떤 국세와 관련된 것인지
• 제2차 납세의무자로 지정·통지된 근거와 내용
• 어떤 법률상 요건을 근거로 한 것인지
• 해당 국세의 납세의무 성립일
• 당시 주주·특수관계인 및 지분구조
• 제2차 납세의무 금액과 한도

15. 명의상 주주였을 뿐이라면 어떻게 될까?

제2차 납세의무에서는 주주명부에 이름이 있다는 사실만 보는 것이 아니라 실제 권리관계도 중요한 쟁점이 될 수 있습니다.

특히 현행 국세기본법 제39조는 과점주주의 범위와 책임 한도를 판단하면서 경영에 대한 지배적인 영향력과 실질적으로 권리를 행사하는 주식 등을 규정하고 있습니다.

따라서 실제로 주식을 취득한 사실이나 주주권을 행사한 사실이 없는 등 명의와 실질이 다투어지는 경우에는 구체적인 사실관계와 입증자료가 중요해질 수 있습니다.

반대로 단순히 “나는 회사 운영에 관여하지 않았다”고 주장하는 것만으로 법에서 정한 요건을 당연히 벗어나는 것도 아닙니다.

주식 취득·양도 관계, 주주명부, 주식대금 지급, 의결권 행사, 배당, 회사 경영에 대한 영향력 등 구체적인 사실관계를 종합적으로 확인해야 합니다.

16. 제2차 납세의무에 대해 자주 묻는 질문

Q1. 법인이 세금을 체납하면 대표자가 무조건 대신 내나요?

아닙니다. 법인과 대표자는 별개의 주체입니다. 단순히 대표자라는 이유만으로 법인의 모든 체납세금이 자동으로 대표자에게 이전되지는 않습니다.

Q2. 대표자가 회사 지분을 60% 가지고 있으면 무조건 책임지나요?

지분율만으로 결론을 내리면 정확하지 않습니다. 본인과 특수관계인의 지분관계와 경영에 대한 지배적인 영향력 등 법에서 정한 요건을 함께 확인해야 합니다.

Q3. 지분이 정확히 50%라면 과점주주인가요?

국세기본법 제39조의 해당 지분 요건은 50% ‘초과’입니다. 따라서 단순 합계가 정확히 50%라면 이 요건에는 해당하지 않습니다.

Q4. 가족들이 나누어 가진 주식도 합산하나요?

법에서 정한 특수관계인에 해당한다면 그들의 주식 또는 출자액이 함께 고려될 수 있습니다.

Q5. 법인을 폐업하면 대표자에게 체납세금이 넘어오나요?

폐업 자체를 이유로 자동 이전되지는 않습니다. 다만 법인의 재산으로 충당해도 부족하고 제2차 납세의무의 법정 요건을 충족한다면 별도의 책임이 발생할 수 있습니다.

Q6. 과점주주가 되면 법인의 체납액 전부를 내야 하나요?

반드시 그렇지는 않습니다. 법인 재산으로 충당한 후의 부족액과 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 등의 비율 등을 기준으로 책임 범위를 확인해야 합니다.

17. 제2차 납세의무 판단 순서를 한눈에 보면

법인의 체납세금 때문에 대표자나 주주의 책임이 문제된다면 다음 순서로 확인하는 것이 좋습니다.

법인의 국세 체납 확인 → 법인 재산으로 충당 가능한 금액 확인 → 부족액 존재 여부 → 해당 국세의 납세의무 성립일 확인 → 당시 주주·출자자 및 특수관계인 확인 → 과점주주 등 법정 요건 확인 → 제2차 납세의무 한도 계산

핵심은 단순히 “대표자인가?”를 확인하는 것이 아닙니다.

법인 재산으로 부족한 금액이 있는가 → 납세의무 성립일 당시 누구에게 어떤 출자관계가 있었는가 → 현행법상 제2차 납세의무 요건에 해당하는가 → 얼마까지 책임지는가의 순서로 판단해야 합니다.

마무리하며

법인이 세금을 체납했다고 해서 대표자 개인이 그 세금을 자동으로 대신 납부하는 것은 아닙니다.

법인은 대표자와 별개의 법인격을 가진 주체이고, 원칙적으로 법인의 세금은 법인의 재산으로 징수합니다.

다만 법인의 재산으로 국세와 강제징수비를 충당해도 부족하고 국세기본법에서 정한 요건에 해당하는 무한책임사원이나 과점주주 등이 존재한다면 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무가 발생할 수 있습니다.

💡 핵심 요약

1. 대표자라는 이유만으로 법인의 체납세금을 자동으로 부담하는 것은 아닙니다.
2. 제2차 납세의무는 법인의 재산으로 국세 등을 충당해도 부족한 경우를 전제로 하는 보충적인 납세의무입니다.
3. 과점주주 판단에서는 본인과 특수관계인의 지분관계뿐만 아니라 법에서 정한 경영에 대한 지배적인 영향력 등의 요건을 함께 확인해야 합니다.
4. 판단 시점은 원칙적으로 문제되는 국세의 납세의무 성립일 현재입니다.
5. 과점주주의 제2차 납세의무에는 법에서 정한 책임 한도가 있습니다.
6. 법인의 해산·청산 과정에서는 출자자의 제2차 납세의무와 별도로 청산인 등의 제2차 납세의무가 문제될 수 있습니다.

따라서 법인의 체납세금 때문에 대표자나 주주의 책임이 문제된다면 단순히 회사 직함이나 현재 지분율만 확인하기보다 법인의 재산 → 부족액 → 납세의무 성립일 → 당시 출자관계 → 특수관계인 → 경영에 대한 지배적인 영향력 → 책임 한도의 순서로 확인하는 것이 중요합니다.

앞서 살펴본 「사업을 폐업하면 밀린 세금도 없어질까? 폐업과 납세의무가 별개인 이유」를 함께 보면 법인의 폐업과 체납세금의 관계를 연결해서 이해하기 쉽습니다.

또 법인이나 제2차 납세의무자의 재산이 실제 압류되는 단계에서는 「체납자의 어떤 재산부터 압류될까? 재산조사와 압류 대상 선정의 기본 구조」를 함께 보면 강제징수의 전체 흐름을 이해하는 데 도움이 됩니다.

※ 참고사항

이 글은 2026년 9월 현재 시행 중인 국세기본법 등 관련 법령을 기준으로 제2차 납세의무의 기본 구조를 이해하기 쉽게 정리한 정보성 콘텐츠입니다. 실제 제2차 납세의무 해당 여부와 책임 범위는 법인의 형태, 해당 국세의 납세의무 성립일, 법인 재산, 주식 및 출자관계, 특수관계인, 경영에 대한 영향력 등 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로 구체적인 사안은 최신 법령과 관계 기관의 안내를 함께 확인하시기 바랍니다.

참고 공식 법령 및 자료

• 국가법령정보센터 – 국세기본법 제38조(청산인 등의 제2차 납세의무)
• 국가법령정보센터 – 국세기본법 제39조(출자자의 제2차 납세의무)
• 국가법령정보센터 – 국세기본법 제40조(법인의 제2차 납세의무)
• 국가법령정보센터 – 국세기본법 제41조(사업양수인의 제2차 납세의무)